Studium v oboru je rozděleno do tří modulů, které jsou vzájemně propojeny. Moduly se vzájemně doplňují tak, že první tvoří základ ostatním dvěma, přičemž třetí modul umožňuje doladit vzdělání absolventa ve smyslu podrobnějšího zájmu o specifické oblasti.
Obsahově jsou jednotlivé moduly zaměřeny následovně:
a) směrem k vědním základům relevantních oborů, tento modul zahrnuje oblasti teorie informace, logika a sémantika, neurovědy, teorie samoorganizace apod., a je tvořen převážně povinnými předměty pro první rok studia.
b) na relevantní aplikační oblasti, tento modul zahrnuje oblasti modelování, simulace, inteligentní a komplexní systémy, ontologické inženýrství, znalosti apod., a tvoří jej ostatní povinné a některé volitelné předměty.
c) na ostatní oblasti a fenomény, které mohou hrát důležitou doplňkovou úlohu v konkrétním zaměření studenta, jako jsou řízení projektů, metodologie vědy, filosofie jazyka, filosofie mysli, řízení informatiky, business process engineering, životní prostředí atd. V této skupině předmětů přirozeně očekáváme největší variantnost budoucího vývoje a je v ní také také nejvíce předpokládáno vlastní přičinění studentů zohledněním jejich osobních preferencí.

Prudký vývoj v oblasti IS/ICT, nutnost integrace celé řady technologií a systémů, požadavky na pružnost, přizpůsobivost a odolnost systémů, jakož i stále větší důraz na kvalitu a bezpečnost systémů, to vše jsou výzvy, které vyžadují komplexní a mnoharozměrný přístup k řešení. Studijní plán oboru Kognitivní informatika svým multidisciplinárním zaměřením naplňuje právě tyto výzvy. To plně potvrzují jednak potřeby praxe, zjištěné v průzkumu „Konkurenceschopnost absolventů IT oborů VŠ a VOŠ na trhu práce v ČR“, který byl proveden Katedrou informačních technologií VŠE Praha ve spolupráci s institucemi CACIO, SPIS a ČSSI v letech 2006/2007 a v následném desetiletí opakován, jakož i materiály OECD, identifikující posun v potřebách vzdělávání od specialistů k tzv. „versatilistům“.