Cílem magisterského studijního programu Informační systémy a technologie je připravit specialisty schopné navrhovat, implementovat, provozovat a řídit informační systémy různých typů ekonomických subjektů, včetně institucí veřejné správy. Současný celosvětový trh práce vyžaduje a velmi oceňuje specialisty v oblasti informačních systémů a technologií, kteří se na profesionální úrovni orientují i v dalších ekonomických disciplínách (jako jsou například řízení podnikové výkonnosti, manažerské účetnictví, řízení podniků a mnoho dalších). Toho je v tomto studijním oboru dosaženo prostřednictvím zahrnutí studia vedlejší specializace vybírané studenty z nabídky všech fakult VŠE.
Studijní program je proto sestaven tak, aby respektoval světové standardy pro výuku informatiky, ale současně zachoval konkurenční výhody Vysoké školy ekonomické v Praze, tj. kombinaci znalostí z oblasti informatiky se znalostmi ekonomiky a kvalitní pedagogické zázemí tohoto programu.
Program je kromě společného povinného základu strukturován do pěti specializací, ve kterých si studenti detailněji směřují svoje odborné zaměření v rámci programu a zpracovávají v nich svoji diplomovou práci. Jde o specializace „Řízení podnikové informatiky“, „Business analýza“, „Vývoj informačních systémů“, „Business Intelligence“, "UX výzkum a design".
Dále si studenti mohou vybírat i ze skupiny předmětů oborově volitelných, kde si tak mohou své odborné zaměření ještě přesněji vymezit.
Aby studenti získali co nejširší spektrum pohledů na řešení IS/ICT, jsou do přednášek všech předmětů zváni významní odborníci z praxe. Pro zvýšení úrovně znalostí odborné angličtiny je samozřejmostí, že některé předměty jsou přednášeny v anglickém jazyce.