Program Ekonomická teorie je určen pro studenty, kteří mají hluboký vztah k ekonomické teorii (mikroekonomii a makroekonomii). Zaměřuje se na přípravu vědeckých a výzkumných pracovníků, kteří získají hluboké teoretické znalosti a budou je schopni aplikovat ve vědě a výzkumu, vysokoškolské výuce i hospodářské praxi. Program je určen zejména pro posluchače, kteří mají zájem o vědeckou a výzkumnou činnost a disponují pro ni nezbytnými předpoklady.
Hlavní důraz programu Ekonomická teorie je kladen na absolvování předmětů zabývajících se filosofickými a metodologickými východisky společenských věd, makroekonomickou analýzou a makroekonomickou regulací, makroekonomickou prognózou, mikroekonomickými aspekty makroekonomické politiky. Student bude od 1. ročníku zapojován do výzkumné činnosti a po absolvování pedagogického minima pedagogických aktivit Národohospodářské fakulty VŠE. Cílem studia programu Ekonomická teorie je vychovat absolventa, který nejen získá a prohloubí si znalosti ve všech uvedených oblastech ekonomické teorie, ale současně bude schopen aplikovat tyto znalosti v hospodářské praxi.