Hlavním cílem v doktorském studijním programu Management a manažerská ekonomie je poskytnout doktorandům náročné specializované studium manažerských a aplikovaných ekonomických disciplín, s akcentem na současný vývoj manažerské a ekonomické teorie, výzkum v předmětné oblasti a aplikaci výzkumných zjištění v manažerské praxi. Kromě rozšíření teoretických znalostí v oblasti managementu a manažerské ekonomie je cílem studia příprava doktorandů na vědecko-výzkumnou činnost řešením výzkumných úkolů prostřednictvím kvantitativních i kvalitativních metod a prezentace dosažených výsledků zejména formou článků v mezinárodních vědeckých časopisech, případně prezentovaných na mezinárodních konferencích. Důležitou součástí studia je zapojení doktorandů do mezinárodní spolupráce. Jako hlavní výstup se předpokládá obhájení disertační práce, z níž je zřejmá schopnost samostatné tvůrčí práce a vědecký přínos v oblasti Managementu a manažerské ekonomie. Úspěšné ukončení této vědecké výchovy umožní absolventům pokračovat v další vědecké činnosti či povede ke zkvalitnění jejich manažerské či podnikatelské praxe s využitím principů tzv. evidence based managementu.