Cílem navazujícího magisterského studijního programu Účetnictví a finanční řízení podniku je využít znalostí a dovedností z bakalářského stupně studia a doplnit je specifickými znalostmi a dovednostmi z oblasti účetnictví a finančního řízení podniku na vyšší odborné úrovni a připravit absolventy pro výkon metodických a řídících funkcí v účetnictví, dále pro odborné funkce v oblasti finanční kontroly a prověřování účetní závěrky (audit), např. v pozicích asistentů auditora, účetních poradců a odborných revizních pracovníků ve finančních orgánech. Absolventi nacházejí po krátkém zapracování uplatnění ve vrcholovém vedení podniků různých právních forem a všech velikostí, odvětví a oborů, v poradenských a auditorských firmách a také na různých úrovních státní správy a samosprávy.